获得国家自然科学奖一等奖的透明计算项目公开了原型桌面系统和手机终端远程应用实例的演示视频，一位新语丝的用户仔细观看了视频，Google了视频中的一段英文代码，结果在GitHub上找到了这段源代码的出处——一个个人开源桌面客户端项目bVNC。bVNC项目作者在被中国用户告知后发表了“获奖感言”，指出他的项目采用的是GPL v3许可证，张尧学的团队必须遵守开源协议，公开源代码。

国家自然科学奖一等奖的透明计算项目备受争议，之前中国计算机学会在网站刊登了声明，建议政府退出国家科技奖励评审。这一建议被人认为是暗指透明计算项目,该概念没有什么引人瞩目的创新，业内人士对其获得家自然科学奖最高奖相当不满。没多久后这项提议已从学会官网撤下。一份新的声明称前项提议与2014年授奖无关，希望公众不要误解，并称该提议将通过各种渠道提交给相关部门。声明最后对计算机领域获得国家奖励的人表示热烈祝贺。

bVNC项目作者感言：https://github.com/iiordanov/remote-desktop-clients/issues/39